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Vers la fin d'un XIXe siècle imaginaire et particulièrement gothique, le jeune Allen Walker est un exorciste appartenant à un ordre spécial créé par le Vatican, appelé Congrégation de l'Ombre. Le but de cet ordre est d'affronter et d'éliminer des démons appelés Akuma (âme déchue revêtant le corps d'un mort), ainsi que celui qui les crée, le Comte Millénaire, dont le but est de détruire le monde et la race humaine. Pour mener à bien ce combat, les exorcistes disposent chacun d'une Innocence, sorte d'arme personnelle fantastique.

Allen est un orphelin qui a été abandonné par ses parents biologiques à cause de l'infirmité de son bras gauche (qui est en fait due à son innocence). Il est recueilli un soir de Noël par Mana Walker, qui deviendra son père adoptif. Bien que les circonstances de la mort de Mana n'aient été jamais claires (cependant l'anime fournit une cause possible dans une scène de chariot retourné), Mana meurt, et Allen, tourmenté, transforme son père adoptif en Akuma. Mais Mana commence par maudire Allen, lui créant ce pentagramme sur l'œil gauche qui lui permet depuis de voir les âmes des Akumas et blanchit ses cheveux. Instinctivement le bras d'Allen s'active et le détruit.
Par la suite, Allen rencontre Marian Cross, général de l'Ordre Noir qui lui donne ses premiers rudiments d'exorcisme et fait de lui son disciple.
3 ans plus tard, Allen est envoyé à la Congrégation